Tháng 1 âm lịch năm 1072, Lý Thánh Tông mất tại điện Hội Tiên. Thái tử Càn Đức 7 tuổi lên ngôi trước linh cữu, tức vua Lý Nhân Tông. Ông lấy niên hiệu Thái Ninh, tôn chính cung của vua cha là Thượng Dương Hoàng hậu làm Thái hậu nhiếp chính, cùng với Thái sư Lý Đạo Thành cai quản quốc gia. Ông cũng phong mẹ ruột là Ỷ Lan làm Hoàng thái phi.[1][5] Tháng 4 âm lịch năm 1073, Lý Nhân Tông phong người thuộc hàng Đại Liêu Ban là Lý Thường Kiệt làm Kiểm hiệu Thái úy.[3]

Năm 1073, vua Nhân Tông phế truất Thái hậu Thượng Dương. Theo các sách Đại Việt sử lược và Đại Việt sử ký toàn thư, Thái phi Ỷ Lan bất mãn vì không được tham gia trị nước, nên đã phàn nàn với Nhân Tông: "Mẹ già khó nhọc mới có ngày nay, mà bây giờ phú quý người khác được hưởng thế thì sẽ để mẹ già vào đâu?". Nghe lời mẹ, Nhân Tông ra lệnh bắt giam Thái hậu Thượng Dương, rồi chôn sống Thượng Dương cùng 76 cung nhân vào lăng Thánh Tông. Thái sư Lý Đạo Thành cũng bị giáng làm Tả gián nghị Đại phu, trấn thủ châu Nghệ An. Sử thần đời Lê sơ Ngô Sĩ Liên nhận xét trong Toàn thư:[1][5]

Nhân Tông là người nhân hiếu, Linh Nhân là người sùng Phật, sao lại đến nỗi giết đích Thái hậu, hãm hại người vô tội, tàn nhẫn đến thế ư? Vì ghen là thường tình của đàn bà, huống chi lại mẹ đẻ mà không được dự chính sự. Linh Nhân dẫu là người hiền cũng không thể nhẫn nại được, cho nên phải kêu với vua. Bấy giờ vua còn trẻ thơ, chỉ biết chiều lòng mẹ là thích, mà không biết là lỗi to. Thái sư Lý Đạo Thành phải ra trấn bên ngoài, biết đâu chẳng vì can gián việc ấy?

Tuy nhiên, sử gia thế kỷ 20 Hoàng Xuân Hãn trong sách Lý Thường Kiệt – Lịch sử ngoại giao và tông giáo triều Lý phỏng đoán trong triều đình đã có sự xung đột giữa một phe là Thái hậu Thượng Dương và Thái sư Lý Đạo Thành, phe kia là Thái phi Ỷ Lan và Thái úy Lý Thường Kiệt:[6]

Tuy các sử không đâu chép, nhưng trong việc khuynh đảo Thượng-dương thái hậu, chắc Thường-Kiệt có một phần trách nhiệm. Sử chỉ đổ lỗi cho Ỷ-Lan xui con, và cho Nhân-tông, vì nhỏ tuổi, nghe lời mẹ. Nhưng thật ra, vua mới tám tuổi; Thượng-dương lại cầm quyền. Nếu không có một đại thần, cầm quân đội trong tay, giúp, thì làm sao ép được Thái-hậu tự tử ? Còn Lý Đạo-Thành, theo như lời bàn của Ngô Sĩ-Liên (TT), chắc đã phản kháng việc ấy, nên mới bị biếm ra Nghệ-an, và mới ôm hận, mang theo thần vị vua Thánh-tông để thờ. Đạo-Thành làm thế để tỏ lòng uất ức.

Sau khi Thái hậu Thượng Dương chết, Nhân Tông tôn mẹ đẻ là Ỷ Lan làm Thái hậu nhiếp chính, hiệu là Linh Nhân Hoàng thái hậu.[1] Linh Nhân cùng Thái úy Lý Thường Kiệt cai quản quốc gia.[6] Mùa xuân năm 1074, triều đình phục chức Lý Đạo Thành làm Thái phó bình chương Quân quốc trọng sự.[1] Lý Đạo Thành làm Tể tướng đến khi mất năm 1081.[7][8]